Getting the Prob Function for a Given Model Type

A function that returns a prob() function that computes the toxicity probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.

Usage

probFunction(model, ...)

# S4 method for GeneralModel
probFunction(model, ...)

# S4 method for ModelTox
probFunction(model, ...)

# S4 method for LogisticLogNormalOrdinal
probFunction(model, grade, ...)

Arguments

model: (GeneralModel or ModelTox)
the model.
...: model specific parameters.
grade: (integer)
the toxicity grade for which the dose function is required

Value

A prob() function that computes toxicity probabilities.

Functions

probFunction(GeneralModel):
probFunction(ModelTox):
probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):

Examples

my_model <- LogisticLogNormal(
  mean = c(-0.85, 1),
  cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
  ref_dose = 50
)

prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
#> Warning: Unused variable "y" in data

probFunction(
  ordinal_model,
  grade = 2L,
  alpha2 = samples@data$alpha1,
  beta = samples@data$beta
)(50)
#>    [1] 0.101239995 0.103538345 0.421471393 0.136986322 0.411715447 0.221606712
#>    [7] 0.214339838 0.234825939 0.214382600 0.079938893 0.144921171 0.084694350
#>   [13] 0.150671582 0.116817081 0.236049046 0.126174529 0.197857569 0.283030602
#>   [19] 0.243422103 0.089975028 0.442564471 0.239960718 0.471399637 0.096055023
#>   [25] 0.183509304 0.280227255 0.422555098 0.112402381 0.096287776 0.059164246
#>   [31] 0.110669722 0.117152861 0.144789720 0.205419815 0.104918716 0.050927763
#>   [37] 0.125735115 0.185830038 0.499381906 0.175394645 0.431272602 0.111998020
#>   [43] 0.186126149 0.367571567 0.375692808 0.094611869 0.189083997 0.445093694
#>   [49] 0.158128138 0.165821653 0.138829101 0.491466834 0.161270890 0.135192164
#>   [55] 0.226566864 0.251732180 0.422378208 0.776851265 0.470781293 0.412740391
#>   [61] 0.192521796 0.294032794 0.225969499 0.226253119 0.173130059 0.089685303
#>   [67] 0.413640000 0.150301355 0.147731515 0.284274708 0.262752555 0.580050384
#>   [73] 0.056788287 0.298563259 0.073055119 0.102460712 0.286358140 0.153508429
#>   [79] 0.399262611 0.070444816 0.109177851 0.082980295 0.228361952 0.369406367
#>   [85] 0.117341938 0.066083718 0.139677404 0.207771787 0.369908941 0.095031772
#>   [91] 0.141698483 0.368518055 0.051231450 0.323596654 0.500902572 0.108302877
#>   [97] 0.090062435 0.369362759 0.201556053 0.079394260 0.051460723 0.110210405
#>  [103] 0.121678960 0.163323917 0.233518460 0.066059713 0.389519652 0.110491849
#>  [109] 0.356633039 0.107914990 0.541736041 0.593848071 0.406217266 0.212279424
#>  [115] 0.291211514 0.264256045 0.392033165 0.145541474 0.400960511 0.520726805
#>  [121] 0.437921845 0.309164742 0.160159472 0.683074290 0.232864338 0.309739927
#>  [127] 0.233562140 0.211870444 0.159576336 0.365300532 0.188629789 0.164540306
#>  [133] 0.219428105 0.354966562 0.298943563 0.366808050 0.170856511 0.354439240
#>  [139] 0.048107479 0.036858011 0.646675197 0.530042636 0.501789583 0.518715808
#>  [145] 0.466595482 0.273844849 0.231886413 0.195989620 0.138028232 0.180762749
#>  [151] 0.292319874 0.459961162 0.282389222 0.439448316 0.671254782 0.466621764
#>  [157] 0.116360717 0.102306831 0.147606282 0.332273755 0.193614507 0.239660166
#>  [163] 0.424322006 0.152222595 0.224271419 0.189588308 0.208474616 0.405037744
#>  [169] 0.301302733 0.255963914 0.442753020 0.424898585 0.640744662 0.154137605
#>  [175] 0.056112886 0.031723474 0.316541130 0.237935880 0.305583304 0.144895592
#>  [181] 0.136494081 0.346213218 0.446322769 0.518425790 0.254494699 0.077797655
#>  [187] 0.297970807 0.414309651 0.272178194 0.239601145 0.300202272 0.144581310
#>  [193] 0.069598170 0.351057016 0.267482576 0.140830317 0.079388556 0.092602789
#>  [199] 0.176025650 0.078365943 0.031141611 0.066896116 0.272940263 0.111271785
#>  [205] 0.359252697 0.236049471 0.339380369 0.305329845 0.490709173 0.179001120
#>  [211] 0.226141438 0.430525915 0.232704436 0.077267435 0.093121020 0.140217625
#>  [217] 0.070108928 0.059612603 0.131253121 0.073509409 0.203731365 0.050521232
#>  [223] 0.169832408 0.294668169 0.177109055 0.224277967 0.451703807 0.118553938
#>  [229] 0.178055706 0.236918887 0.206100320 0.352251018 0.439670357 0.295112146
#>  [235] 0.353323710 0.455645209 0.481900326 0.479384797 0.439544807 0.339948190
#>  [241] 0.208517514 0.114611450 0.302225601 0.165774064 0.032619210 0.115652523
#>  [247] 0.265036774 0.259628449 0.422058617 0.365819997 0.217760750 0.057675624
#>  [253] 0.163871745 0.120125222 0.127490528 0.295064908 0.143187207 0.267537624
#>  [259] 0.504475273 0.648711973 0.084192192 0.054933278 0.055725196 0.009932839
#>  [265] 0.576800376 0.136432772 0.209211108 0.159531870 0.112351635 0.156948078
#>  [271] 0.150007193 0.281456156 0.354164619 0.072709787 0.208429200 0.090621363
#>  [277] 0.114987868 0.234368907 0.433600247 0.078598142 0.221633016 0.345227515
#>  [283] 0.331513291 0.250719450 0.267858240 0.062063715 0.643492870 0.168162011
#>  [289] 0.298680067 0.163422265 0.147365464 0.510980649 0.449501276 0.241808328
#>  [295] 0.080516265 0.341952218 0.440886147 0.203316853 0.291569113 0.182793006
#>  [301] 0.214577838 0.188225025 0.142913122 0.173438569 0.262584559 0.469153918
#>  [307] 0.120176354 0.129614324 0.304275008 0.402390680 0.450355158 0.072231606
#>  [313] 0.030947499 0.167508490 0.270603075 0.224611629 0.309323167 0.164127112
#>  [319] 0.325673371 0.059472420 0.124532952 0.268793274 0.285973911 0.174675393
#>  [325] 0.104246572 0.127807595 0.170634820 0.171375124 0.412949621 0.177572150
#>  [331] 0.291287071 0.321671667 0.209747810 0.277640938 0.222606541 0.239332543
#>  [337] 0.330188343 0.254790731 0.041639010 0.129274581 0.495532795 0.057595794
#>  [343] 0.323075144 0.362731581 0.085432192 0.242404249 0.084349845 0.352302725
#>  [349] 0.072999714 0.283400430 0.201904110 0.382764348 0.412969366 0.546597960
#>  [355] 0.284385863 0.115619830 0.170242871 0.286910005 0.436516394 0.155470754
#>  [361] 0.322903960 0.421895825 0.188363565 0.432515566 0.157282533 0.338880289
#>  [367] 0.378450304 0.610077591 0.468399580 0.083431187 0.139090673 0.215262403
#>  [373] 0.067531744 0.192171589 0.267576001 0.238041945 0.086046483 0.069221982
#>  [379] 0.066428287 0.466353800 0.285527282 0.411707188 0.117903616 0.314815660
#>  [385] 0.184587302 0.327799189 0.162501029 0.311824998 0.177240285 0.365809650
#>  [391] 0.198448423 0.471762697 0.058016133 0.295881552 0.309206578 0.257619470
#>  [397] 0.448152034 0.244603331 0.224521827 0.383720737 0.374461100 0.202144774
#>  [403] 0.054540991 0.023424012 0.161907577 0.524966622 0.283800187 0.161646270
#>  [409] 0.363396831 0.327041428 0.392827093 0.378624876 0.219333976 0.366534712
#>  [415] 0.091833536 0.051489419 0.244761753 0.127180613 0.141412305 0.057809334
#>  [421] 0.153470438 0.196745278 0.109244395 0.291058245 0.431808799 0.258660315
#>  [427] 0.208363174 0.384324582 0.114168316 0.097950622 0.287293792 0.273287030
#>  [433] 0.362421791 0.372842820 0.258515689 0.201025994 0.193602663 0.125964219
#>  [439] 0.086160909 0.389650388 0.197665025 0.295845734 0.350618604 0.221460304
#>  [445] 0.122292956 0.184683375 0.135711920 0.306673127 0.289338374 0.233383974
#>  [451] 0.111706148 0.257495420 0.277714037 0.279887271 0.152179124 0.120328581
#>  [457] 0.127248333 0.274100681 0.180117232 0.138166346 0.229569090 0.159428211
#>  [463] 0.369967162 0.120183493 0.229370726 0.370916623 0.125924577 0.309792296
#>  [469] 0.391961520 0.109229069 0.089302072 0.079888232 0.282526613 0.145349512
#>  [475] 0.138456843 0.128527666 0.123895801 0.193686952 0.234450913 0.228022414
#>  [481] 0.218745209 0.351278581 0.303298076 0.122793136 0.079312500 0.236970265
#>  [487] 0.240910561 0.076260231 0.290695608 0.239021519 0.251498510 0.062941549
#>  [493] 0.075871787 0.336045044 0.118077135 0.050361542 0.021915965 0.154062531
#>  [499] 0.236905577 0.302637824 0.341126320 0.427145607 0.421650947 0.121094652
#>  [505] 0.219103761 0.111424683 0.123039920 0.176308131 0.495338247 0.191573583
#>  [511] 0.027212510 0.046228737 0.047620012 0.031027458 0.133434718 0.376633456
#>  [517] 0.156504186 0.363466976 0.461842573 0.325027462 0.573841318 0.136676421
#>  [523] 0.115874566 0.069838735 0.176330241 0.219526101 0.217190448 0.197968597
#>  [529] 0.214643858 0.139836119 0.085221464 0.308846644 0.558761891 0.533173157
#>  [535] 0.655838605 0.073857348 0.048874419 0.296021637 0.218728165 0.344747780
#>  [541] 0.363249193 0.334347487 0.544837642 0.076022238 0.233351280 0.134116155
#>  [547] 0.120079840 0.186073169 0.221106114 0.074644676 0.180473648 0.281388584
#>  [553] 0.284347017 0.285156749 0.196149126 0.317381318 0.214291140 0.076971604
#>  [559] 0.342082689 0.234229505 0.238422095 0.194165177 0.088275743 0.134647803
#>  [565] 0.090200749 0.057156261 0.040452783 0.165000133 0.436798859 0.465190883
#>  [571] 0.110598124 0.340231986 0.566850519 0.170804395 0.068642639 0.328494420
#>  [577] 0.387427410 0.269051529 0.166566799 0.096781173 0.271019663 0.322062045
#>  [583] 0.167104934 0.190234456 0.092737675 0.461051074 0.140303359 0.072175102
#>  [589] 0.085580705 0.443094207 0.215668077 0.161671353 0.186722986 0.369243907
#>  [595] 0.211983758 0.220664491 0.106647817 0.455286509 0.235865339 0.384927743
#>  [601] 0.086535533 0.153938183 0.200747869 0.187319142 0.443816530 0.118451134
#>  [607] 0.338200718 0.411243818 0.185518164 0.381751989 0.182954159 0.147075239
#>  [613] 0.256181223 0.203414628 0.100677496 0.052041786 0.462793576 0.266700092
#>  [619] 0.305996399 0.407597366 0.364159101 0.210272763 0.257147242 0.223067923
#>  [625] 0.356414585 0.265136242 0.135297031 0.089579434 0.182298012 0.196835614
#>  [631] 0.358450259 0.273186740 0.078142769 0.116862377 0.148920807 0.340300680
#>  [637] 0.468608203 0.130689764 0.315492576 0.178200255 0.247940457 0.080714214
#>  [643] 0.263547014 0.108366706 0.135830602 0.321605464 0.230911708 0.195377504
#>  [649] 0.070224275 0.191126090 0.286475975 0.432733702 0.355677832 0.372542842
#>  [655] 0.141906547 0.119774289 0.170734797 0.132024921 0.131353963 0.152614063
#>  [661] 0.140044209 0.378615302 0.130878487 0.450829455 0.183035626 0.201396821
#>  [667] 0.173943603 0.242767369 0.404940239 0.029861530 0.127603425 0.303282612
#>  [673] 0.271335372 0.234963001 0.428515191 0.167167746 0.392556448 0.460731046
#>  [679] 0.359460575 0.228364931 0.069861817 0.128700135 0.275292431 0.339468575
#>  [685] 0.034038867 0.075698715 0.090590890 0.150523798 0.178539142 0.151354224
#>  [691] 0.371939724 0.330970430 0.109319738 0.099396113 0.137639160 0.134197760
#>  [697] 0.049875349 0.153944297 0.285400977 0.362838077 0.293676011 0.270069195
#>  [703] 0.576599973 0.279465367 0.204345310 0.096338570 0.118589682 0.017597197
#>  [709] 0.191992372 0.596124955 0.510391689 0.157827131 0.162811146 0.196004910
#>  [715] 0.268652872 0.182669031 0.155894177 0.229487546 0.229550046 0.351405542
#>  [721] 0.182162552 0.121444774 0.194748609 0.454518949 0.072238465 0.734364230
#>  [727] 0.186890909 0.107775945 0.137824762 0.279140962 0.168090425 0.181233236
#>  [733] 0.176244926 0.595802876 0.507650978 0.383060410 0.227109714 0.189243295
#>  [739] 0.123555201 0.269337806 0.380157333 0.190277994 0.551872267 0.274865927
#>  [745] 0.211625951 0.034018751 0.122051431 0.233834902 0.189962763 0.094474510
#>  [751] 0.243880271 0.081280001 0.109053608 0.217574264 0.235993042 0.121594728
#>  [757] 0.161430035 0.082330682 0.079473393 0.146719665 0.131546567 0.108327633
#>  [763] 0.096986278 0.157116497 0.132388238 0.099001594 0.170546763 0.126626771
#>  [769] 0.225238356 0.163744727 0.527658215 0.323698330 0.017502761 0.209462080
#>  [775] 0.052230416 0.063172550 0.303673823 0.272651834 0.065730284 0.332113986
#>  [781] 0.711298793 0.296244367 0.288801106 0.203937728 0.075327781 0.066018755
#>  [787] 0.415163176 0.067003260 0.418098107 0.074769927 0.465957946 0.210036181
#>  [793] 0.132636447 0.196513513 0.061313478 0.268682344 0.254760754 0.209581064
#>  [799] 0.342362480 0.546253913 0.117546367 0.154927020 0.533247966 0.413747173
#>  [805] 0.386266347 0.357030456 0.125983569 0.062653647 0.343653842 0.096881141
#>  [811] 0.276439746 0.255922924 0.335958197 0.490968226 0.335429506 0.171579182
#>  [817] 0.098513296 0.143683623 0.160918282 0.219465506 0.522675427 0.020454602
#>  [823] 0.160205389 0.086874224 0.193326970 0.202383662 0.220963001 0.070851649
#>  [829] 0.178746653 0.178013278 0.035292316 0.455616732 0.093385440 0.203703729
#>  [835] 0.186031588 0.207965840 0.157188387 0.074458243 0.120694538 0.084017906
#>  [841] 0.263728990 0.302700129 0.346444185 0.145776312 0.186651620 0.131799906
#>  [847] 0.147706640 0.250149979 0.125499235 0.114130339 0.300479397 0.141706837
#>  [853] 0.050519211 0.310772702 0.230077721 0.194596362 0.198820808 0.166255137
#>  [859] 0.399886349 0.326875705 0.155918508 0.190748591 0.168782157 0.140459810
#>  [865] 0.142228688 0.201561878 0.172700542 0.157930376 0.123604690 0.157925797
#>  [871] 0.130253679 0.040840185 0.160748005 0.143858470 0.378206274 0.280990891
#>  [877] 0.407356557 0.422191534 0.405803191 0.345145141 0.222894337 0.306931371
#>  [883] 0.237219887 0.088270149 0.124783786 0.035292937 0.057397738 0.128966114
#>  [889] 0.191076252 0.451238828 0.288371966 0.424382606 0.236488248 0.356491282
#>  [895] 0.206071506 0.203843532 0.216162684 0.064897919 0.303806809 0.070730298
#>  [901] 0.041166056 0.202954034 0.120431223 0.268480795 0.343374892 0.207962681
#>  [907] 0.186553354 0.243253463 0.394278779 0.313244526 0.245553703 0.467865080
#>  [913] 0.308982226 0.121020456 0.161998101 0.225224442 0.264462764 0.309857138
#>  [919] 0.331214415 0.261313187 0.156845477 0.194309685 0.393340497 0.440497906
#>  [925] 0.643777152 0.690643698 0.204296198 0.060182423 0.052974323 0.093050307
#>  [931] 0.236544029 0.095661508 0.098624999 0.093941036 0.045270771 0.049461848
#>  [937] 0.162754786 0.171151737 0.253453817 0.251174602 0.134763045 0.347064026
#>  [943] 0.058885513 0.075070158 0.126019833 0.487346060 0.114772523 0.164634412
#>  [949] 0.115941353 0.114531013 0.463442526 0.385264111 0.099489913 0.196206157
#>  [955] 0.244156355 0.285561452 0.383160422 0.220730577 0.129127235 0.101739921
#>  [961] 0.127386612 0.357611635 0.203507381 0.197783837 0.536595550 0.472949122
#>  [967] 0.266417402 0.190127152 0.198576383 0.372946901 0.253182679 0.181964155
#>  [973] 0.317898442 0.323385628 0.327974077 0.535785422 0.165128018 0.055565046
#>  [979] 0.308055590 0.307040726 0.248364132 0.239271683 0.275647532 0.566072354
#>  [985] 0.205231652 0.367430045 0.294436627 0.261891008 0.290737316 0.157090686
#>  [991] 0.297100940 0.127896740 0.328015794 0.125933497 0.129006996 0.228683248
#>  [997] 0.059523882 0.013079064 0.057126162 0.125740704